Senast lagen möttes tog Seattle en storseger med 7-1, men den här gången var det San Jose som var starkare.
Segern var San Joses fjärde på de senaste fem matcherna.
Inget av lagen fick in något mål i varken första eller andra perioden.
I tredje perioden gjorde San Jose 1-0 efter 7.26 genom Marc-Edouard Vlasic. Och med bara 21 sekunder kvar satte Jan Rutta avgörande 2-0.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, San Jose på åttonde och sista plats och Seattle på femte plats.
I nästa match möter San Jose Anaheim Ducks borta på torsdag 1 februari 04.30. Seattle möter Philadelphia söndag 11 februari 01.00 borta.
